Havacılık eğitiminde öncü bir kuruluş olan Havacılık ve Uzay Bilimleri Fakültesi 1986'da Türk Havacılık Sektörüne uluslararası standartlara uygun kalifiye personel yetiştirmek amacıyla "Sivil Havacılık Meslek Yüksekokulu"olarak kurulmuştur.
1992'de dört yıllık lisans programlarının açılmasıyla birlikte okulun adı "Sivil Havacılık Yüksekokulu" olarak değiştirilmiştir. 2012'de ise okul uluslararası yükseköğretim standartlarına ve küresel havacılık sektörünün gerekliliklerine göre yeniden yapılandırılarak Anadolu Üniversitesi Bünyesinde "Havacılık ve Uzay Bilimleri Fakültesi" adını almıştır. Pilotaj Bölümü olarak eğitimlerimiz fakülte alt birimi olarak devam etmiştir.
Pilotaj Bölümü, Anadolu Üniversitesi bünyesinde 1986 yılında kurulmuştur. Kuruluşundan bu yana aynı üniversite bünyesinde eğitim öğretim faaliyetlerini yürütmüştür. Bölüm, 18 Mayıs 2018 tarihli Resmi Gazete’de yayımlanan 7141 sayılı Kanunla Eskişehir Teknik Üniversitesi’ne bağlanmıştır.